賈正毅濫用職權殘害葉家二十八口人的罪行被揭露，皇上震怒下令將其午門斬首，其同黨也受到嚴懲。在臨刑前，賈正毅向師尊求饒，甚至願意斷臂爲證。賈正毅的師尊會如何處置這個犯下大錯的徒兒呢？

葉家冤案終於獲得平反，葉明軒父母得以瞑目。方天策因受人蠱惑被貶為囚犯醫師贖罪。皇帝讚賞葉家人才輩出，任命大比魁首葉明軒掌管太醫院，繼承父母遺志。葉明軒能否順利接管太醫院，面對新的挑戰？

葉明軒和姐姐決定回到青州重新開設葉氏醫館，並邀請陛下未來到訪。同時，葉明軒展示真正的問天九針，引發阿姐的疑惑。緊急情況下，凌然被呼喚去救治一位瀕死的老伴兒。葉明軒的問天九針究竟有何神奇之處？

葉明軒發現田叔因貧困延誤治療，導致小病拖成大病，決定親自爲田大娘施針救治，展現醫者仁心。葉明軒的醫術能否救回田大娘？

葉明軒（小軒）雖年幼卻展現非凡醫術，為暈倒的老婆婆施針救治，成功使其甦醒，贏得在場眾人的感激與信任，老田夫婦發誓要報答葉家的恩情。葉明軒的醫術究竟從何而來？

葉明軒（華祖）在為一位患有肺積的大娘診治時，發現病情嚴重，必須長期治療。儘管田叔因經濟困難猶豫不決，葉明軒堅持以低價提供治療，展現醫者仁心。葉明軒的低價治療能否幫助大娘戰勝病魔？

葉明軒面臨重建醫館的資金短缺問題，田叔甚至願意用家犬大黃作為抵押，但葉明軒堅決不同意，反映出他對重建醫館的堅持與道德底線。葉明軒能否找到其他方法來籌集重建醫館的資金？

葉明軒在醫館坐診時，遇到了自稱是黃氏大醫館的黃有財前來挑釁，對方輕視葉明軒的年齡與能力，卻又不得不承認他作為葉小神醫的名聲。黃有財的突然到訪，究竟會給葉明軒帶來什麼樣的挑戰？

黃氏醫館掌櫃黃有財試圖用高薪挖角葉明軒和他的藥童，企圖壟斷當地醫藥市場。葉明軒拒絕了誘人的條件，堅守葉氏醫館，為當地百姓提供醫療服務。雙方立場鮮明，埋下了未來衝突的伏筆。黃有財會就此放棄挖角葉明軒嗎？他會用什麼手段來對付堅守醫館的葉明軒呢？

葉明軒被質疑醫術道行不夠，好心救治病人卻不被領情，與黃姓人物發生理念衝突，探討醫者是否應為蠅頭小利捨棄醫德。葉明軒會如何在現實與醫德之間做出選擇？

葉明軒面對田叔拖欠藥錢的困境，田叔態度強硬，甚至威脅要宰掉狗來抵債，雙方衝突一觸即發。葉明軒能否化解這場藥錢危機？

凌然的藥效顯著，田叔卻拖欠藥錢並擅自降低藥價招攬病人，導致凌然面臨經濟困境與道德抉擇。凌然會如何應對田叔的道德綁架與經濟壓力？

葉明軒（華祖靈魂附體）向鄉親們宣布出售藥丸的三項規則，包括價格固定、保密和拒絕以物易物，同時感慨收徒不易。葉明軒的藥丸能否順利出售而不被外界發現？

葉明軒的姐姐與村民因藥價問題發生爭執,展現了醫者仁心與經營現實的矛盾。葉家醫館能否在堅持醫德的同時維持生計?

葉明軒的醫館面臨藥品短缺的困境，田叔帶人來求藥，卻揭露了衙門派人假冒病患前來抓人的陰謀。葉明軒能否識破衙門的詭計並保護醫館？

葉明軒被田叔等人誣告出售劣質藥品謀財害命，田叔帶人來抓捕葉明軒。原來田叔等人因藥價昂貴而心生不滿，反咬葉明軒一口，將救人恩情拋諸腦後。葉明軒憤慨質問為何恩將仇報，卻被指責自私。葉明軒將如何化解這場忘恩負義的危機？

葉氏姐弟因醫藥糾紛被黃掌櫃設計陷害，被衙門帶走，黃掌櫃趁機煽動村民抵制葉氏醫館，並許諾免費供藥以收買人心。葉氏姐弟能否洗清冤屈，揭穿黃掌櫃的陰謀？

皇帝因藥用完而久未收到葉家姐弟的消息，決定微服私訪青州，親自拜訪小神醫葉明軒，以體察民間醫館的民生國情。皇帝微服私訪青州，會與葉明軒擦出什麼火花？

黃掌櫃指示田春生將葉氏姐弟陷害入獄，並計劃進一步煽動醫患到衙門鬧事，意圖讓葉氏醫館徹底身敗名裂，同時暴露了黃掌櫃的陰險計劃與田春生的猶豫和擔憂。葉氏姐弟能否揭穿黃掌櫃的陰謀，洗刷冤屈？

黃氏醫館的老闆黃老闆正在策劃一場陰謀，試圖在公堂上陷害葉家的兩個小孩，以達到自己的目的。他通過收買他人，確保計劃順利進行，並對葉凌然之前的選擇表示輕蔑。葉家的兩個小孩能否逃脫黃老闆的陰謀？